2020年2月，黑龍江省自然資源調查院由原省地質調查研究總院、省有色金屬地質勘查研究總院、省煤田地質研究院、省煤田地質勘察院等4家單位合並成立，隸屬省地質礦產局，按副廳級事業單位管理。共設置21個部門，分別是：辦公室、黨群工作部、財務資產部、人事教育部、紀檢監察審計部、技術管理部、基礎地質研究室、礦產地質研究室、生態環境研究室、物化探研究室（遙感地質研究室）、能源地質研究室、生產監督部、科技創新中心、規劃發展研究中心、礦產資源管理中心、地下水調查評價中心(地質災害防治中心)、地質資料及地質大數據中心、綠色礦業研究中心、業務保障中心。目前，全院共有在編職工457人，其中博士16人，碩士（含碩士學位）127人，本科258人；具有正高職稱46人，副高職稱231人，中級職稱102人。黑龍江省自然資源調查院主要職責任務有：承擔國家和省基礎性、公益性、戰略性地質調查工作；承擔全省地質礦產勘查項目部署及項目庫建設的技術支撐工作；承擔地質科學綜合研究及地質科技創新工作；承擔地質調查、礦產勘查等技術規程、規範和標準修訂等相關技術支撐工作；承擔全省礦產資源總體規劃編製、供需形勢分析、經濟發展研究及相關數據庫的開發與維護工作；承擔礦業權管理的技術支撐工作；承擔全省地質災害防治和地下水調查評價的技術支持工作；承擔全省地質資料大數據平台建設及運維等工作；承擔全省綠色礦業發展研究工作。