2003年9月28日，雲南東源煤業集團有限公司按照《雲南省煤炭行業整合方案》要求由雲南東源控股有限公司（持股80%）與雲南省投資開發有限公司（後更名為雲南省投資控股集團有限公司）（持股20%）投資組建。2005年8月，根據雲南省委省政府的決定，雲南東源煤業控股有限公司（批複文件為雲南東源煤業集團有限公司）與雲南石油化學工業集團有限公司整合組建雲南煤化工集團。2007年3月14日，由雲南煤化集團作為主發起人組建的雲南東源煤電股份有限公司成立，雲南省投資控股集團有限公司在雲南東源煤業集團持有的20%股權溢價3162.80萬元後劃轉到雲南東源煤電股份有限公司，雲南東源煤業集團成為雲南煤化集團全資子公司；2008年，雲南煤化工集團將雲南先鋒煤業開發有限公司從雲南東源煤業集團劃出組建雲南解化清潔能源開發有限公司。2008年5月，雲南東源煤業集團與雲南東源煤電股份有限公司機關合並，實行“兩塊牌子、一套班子”的管理模式，雲南東源煤業集團資產及黨群關係委托雲南東源煤電股份有限公司實施統一管理。